小智（松本梨花配音）带着皮卡丘（大谷育江配音），和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠配音）的少女麦亚丽（中川翔子配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一配音）。
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